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2022年3月17日，業務部接到江蘇省某大學客戶的計算需求。接到反饋后，第一時間與客戶進行詳細溝通，情況如下：

客戶背景

客戶是江蘇省某大學的博士，之前在和我們合作多次，這次其臨近畢業，需要對其課題進行深入分析研究，與本司達成合作。其要對多糖降解菌的新型麥芽五糖進行深入研究，探究溫度對SdG5A產物特異性和持續性的影響機制。

樣品名稱

多糖降解菌(Saccharophagus degradans)的新型麥芽五糖生成酶 (簡稱SdG5A)

客戶需求

其研究目的如下：

研究以來源于SdG5A 為研究對象，構建了新型的SdG5A枯草芽孢桿菌表達體系，能夠實現其高效、穩定、安全表達，并重點研究了重組SdG5A的酶學性質，發現了SdG5A的冷適性和產物特異性。隨后利用RoseTTAFold軟件，成功預測了SdG5A的結構模型。在結構基礎上通過結構分析、分子對接和分子動力學模擬 (molecular dynamics simulation，簡稱MD)，鎖定了SdG5A的催化結構域、底物結合口袋及關鍵的無規則卷曲結構域，闡明了這些結構特征與冷適性和產物特異性之間的關系，為后續的酶分子理性設計提供參考。

解決方案

首先利用 Maestro 軟件對初始 SdMFA 的結構模型進行優化處理，并利用 3D builder 模塊對側鏈缺失的氨基殘基進行修復，選擇 OPLS4 力場進行能量最小化處理。底物小分子化合物利用 LigPrep 進行能量最優化 處理，力場為 OPLS4，共生成 32 個構象。分子動力學模擬軟件為 Desmond，首先體系構建，溶劑模型選擇 TIP3P，盒子 為正交晶系(Orthorhombic)，盒子大小 10×10×10，添加 NA+平衡電荷，力場選擇 OPLS4 進行體系構建。

客戶反饋

客戶對數據結果非常滿意，通過分子動力學模擬，結果能夠非常好的契合其研究目的，已協助其完成博士論文答辯，之后會繼續合作。